Habitado por índios Guaranis que aqui se instalaram, recebeu seus primeiros colonizadores por volta de 1810, formados por açorianos e italianos, que então fundaram a comunidade de Itaperiú, vindo mais tarde a se chamar São João do Itaperiú.

A comunidade recebeu o nome de São João do Itaperiú.

De costumes modestos,sentimento religioso sempre presente, em 1916 foi construída a primeira capela com nome e imagem de São João Batista, padroeiro do município.

Boa parte do passado histórico da antiga localidade, hoje município de São João do Itaperiú, não está registrada em documentos legais, mas sim na memória dos moradores mais antigos e que ainda sobrevivem.

Inicialmente a localidade era ligada a cidade de Araquari, somente a partir de 1965 a localidade passou à condição de distrito, com a emancipação político-administrativa de Barra Velha.

Depois de muitos anos de luta, por se considerar uma comunidade sem muita afinidade com as tradições culturais e por receber pouca assistência do Município Sede, um grupo de políticos se uniu em torno da conquista de sua independência.

A emancipação de São João do Itaperiú ocorreu em 26 de Março de 1992, atraves da Lei n8.

549.

E no dia 03 de outubro do mesmo ano através de eleição direta elegeu sua primeira magistratura, composta pelo Poder Executivo e Legislativo, sendo instalada no dia 1° de Janeiro de 1993.

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